Clara集成模拟与多种资料处理工具,提供加速药物研发的解决方案

由于全球各国正面临新冠肺炎的侵袭,所有的人都在关切疫苗何时可以研发出来,是否有方法和技术能加速这个过程?

对此,Nvidia也在今年10月举行的GTC大会上,首度展示了Ominiverse可支持药物研发(Drug Discovery)需要的模拟图片渲染。

Nvidia创办人暨首席执行官黄仁勋表示,我们可通过计算机运算模拟的方式,针对会影响疾病的蛋白质,理解其生物学的相关机制,并在漫长的体内试验测试过程之前,能够找到表现较为优异的候选药物,因此,在部署药物研发这类应用时,会需要搭配多种技术,像是基因组学(Genomics)、低温电子显微镜成像与3D重建、资料分析、深度学习、对接(Docking)、病理学与放射学成像、自然语言处理。

对此,他们也宣布推出Clara Discovery,希望协助医界更快找出拯救生命的药物。这套软件应用里面,包含了哪些成员?黄仁勋表示,有些是常用工具,Nvidia的计算机科学家会设法提供加速处理的方法,其中也一些是他们近期新加入或新开发的工具,像是Clara Parabricks(Nvidia在2019年并购Parabricks)、Clara Imaging、BioMegatron、BioBERT、RAPIDS。

基本上,这套解决方案是用于运算型药物研发处理的应用程序与框架集合,已针对Nvidia DGX集成应用设备进行优化调校,而能因应医疗领域最大型的运算型工作任务,并可结合图片学、放射学、基因组学的力量,以便开发AI应用程序。

目前的Clara Discovery有那些特色?Nvidia提供预先训练过的AI模型与应用程序专属的框架,协助研究人员定义下一代的药物研发过程,包含:寻找标靶、组建化合物,以及培养药物反应。

这里也运用了自然语言处理技术,能让研究人员经由生物医学的特定语言模型,来组织、理解、启动大型资料集、研究文献,并且针对现有疗法的论文与专利,以及其他重要真实世界资料,进行分类。