受到武汉肺炎疫情蔓延的影响，衡量铁矿砂、煤炭等原物料运费的波罗的海海岬型指数（BCI）于1月31日跌破零，为史上头一次转为负值。这代表部分航线对企业而言是属于亏损的状态。分析人士认为，中国对外贸易需求骤降，恐在未来几个月冲击航运产业及原物料交易。
英国金融时报13日报道，自从北京当局决定封省封城、对抗武汉肺炎之后，造船厂遭到抛弃、船只被闲置，船东与造船企业没有进账，只能不断烧钱。位于靖江市的中国大型造船厂两度申请重新开张，却遭当地政府打回票，一名主管透露，公司承担不起休假太久的成本。北京智库“上海国际航运研究中心”上周调查显示，中国目前主要港口的产能利用率比正常低了20-50%，超过三分之一港口的仓库已超过9成满。
香港港口运营巨头招商局港口（China Merchants Port）一名高层预测，武汉肺炎若在3月底受到控制，则其年营收可能会减少10-25%，时间拖得愈久，营收受创程度愈深。
油轮费率也备受打击。中国能源企业估计，2月份石油消耗量恐将萎缩最多25%，相当于全球3%需求。超级油轮每日费率也跟着在一个月内狂跌75%，来到23,000美元，远低于4个月前的140,000美元。另外，美国2019年9月以违法运送伊朗原油为由，宣布制裁中国航运巨头中远海运控股（Cosco Shipping Holdings Co.）旗下油轮，该制裁已于今年1月底解除，恐让油轮运费进一步受压。
其他航运企业也受波及。集装箱航运巨头马士基集团（AP Moller-Maersk）在疫情爆发后，已取消20艘预定自中国启程的船班。
波罗的海原油油轮指数（BDTI）13日强弹7.41%、收855点；但过去一个月惨跌40.95%。波罗的海成品油油轮（BCTI）13日中场也大涨6.51%、收21点；过去一个月重挫17.32%。
另一方面，BCI 13日终场重挫9.56%、收 -284点，为史上新低记录，过去一个月狂跌128.29%，过去一周重挫51.87%。波罗的海指数（BDI）13日持平于421点；过去一个月重挫44.97%，过去一周下跌2.32%。