脸书现在让WhatsApp用户可以选用端到端加密技术来保护备份，如此无论是WhatsApp或是备份服务的供应商，都将无法访问备份或是备份加密密钥，大幅提升用户的消息安全。官方提到，这项端到端加密备份功能，将会在数周内，向iOS和Android用户推出。
目前WhatsApp已经默认提供端到端加密，只有发送者和接受者才能看到消息，没有任何中间人可以读取经过端得端加密的消息。脸书也让用户可以在Google Drive和iCloud等云计算服务，备份WhatsApp历史消息记录，使这些消息无法被WhatsApp本身访问，由独立的云计算存储服务保护。
脸书现在通过让用户激活端到端加密备份，来进一步提供更高的消息保护功能，脸书开发了适用于iOS和Android的全新加密密钥存储系统，当用户激活端到端加密备份功能后，备份将会使用唯一且随机生成的密钥来加密，用户可以手动或是使用密码来保护密钥。
一旦用户选择以密码来保护密钥，密钥会存储在备份密钥保险箱中，该保险箱是由硬件安全模块（HSM）组件构建而成，是可以安全地存储加密密钥的专用安全硬件。当账户拥有者，要访问备份时，就可以用加密密钥来访问，或是使用个人密码，从硬件安全模块的备份密钥保险箱中，检索加密密钥并且解开备份。
基于硬件安全模块的备份密钥保险箱，以强健的方式保护密钥，当密钥经多次访问失败后，系统将锁定密钥永远无法再访问，进而避免密钥遭到暴力破解。WhatsApp本身所知道的信息，只有硬件安全模块中存在一个密钥，但是不知道本身密钥为何。
WhatsApp的前端服务ChatD负责处理客户端连接，以及客户端到服务器的身份验证，并且实例将密钥发送至备份以及WhatsApp服务器的协议，客户端和基于硬件安全模块的备份密钥保险箱，将交换加密消息，但ChatD无法访问消息内容。
备份密钥保险箱位于ChatD之后，提供高度可用且安全的加密密钥存储，官方提到，备份是以连续资料流媒体形式生成，并以密钥使用对称加密算法进行加密，加密之后备份可以存储在设备以外，像是iCloud或Google Drive等服务。
当用户想要检索自己的备份时，可以输入密码，该密码会通过加密，发送至备份密钥保险箱进行验证，验证完后，备份密钥保险箱会将加密密钥送回WhatsApp客户端，进行备份解密。当用户决定单独使用64位元密钥，则必须手动输入密钥，来解密访问他们的备份。